サーバー名横の左パネルをクリックし、‘Rebuild database（データベースを再構築）’オプションを選択すると、サーバーの組み込みSQLiteデータベースを再構築できます。このオプションを定期的に使用すると、パフォーマンスが強化され、OSをリブートするときの立ち上げ時間を短縮できます。基本的に、このオプションの使用により、データベースはインデックスともにデフラグされます。このオプションの使用方法については、‘こうすれば絶対に良い’という類いのアドバイスはありません。しかし、データベースが巨大になると、サンプル間隔が短くなるため、データベースに対して多数のINSERTやDELETEを実行した後にはフラグメントが発生する可能性が早まります（なお、このような措置が必要なのは、サイズが約1 GB以上のデータベースファイルだと考えています。‘総合的な’アドバイスとしては、サイズの大きなデータベースファイルでは、毎月このオプションを実施してください）。

また、VACUUMの実行時にエラー“Database or Disk is full（データベースまたはディスク容量が一杯です）”（Windowsの場合）プロンプトが表示されたら、これは、テンポラリファイルの場所をホスティングしているファイルシステムによるものです。空きスペースにより余裕のある場所にTEMP環境変数の設定を変更して、システムを再起動すると処理を継続できます。

Windows 2008における場所：C:\ProgramData\Webyog\MONyog\Data\